| 日数（目安） | ねむりの谷 | めざめの森 | まどいの水源 | のぞみの大地 |
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| 1日目 |
+ オープニング
赤ピクミンが仲間に。
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| 2日目 |
+ 始まりの洞窟
紫ピクミンが仲間に。
「スフィアマップ」回収
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| 3日目以降 |
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+ 白い花園
白ピクミンが仲間に。
（白ピクミンで毒の扉を破壊）
「ジオグラフィックシステム」回収 |
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| 4日目以降 |
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（赤ピクミンでヤキチャッピーを撃破）
（白ピクミンで毒の扉を破壊）
黄ピクミンが仲間に。
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| 5日目以降 |
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（黄ピクミンで電撃の柵を破壊）
青ピクミンが仲間に。
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| 6日目以降 |
〜借金返済を目指す〜
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| それ以降 |
〜お宝 & 図鑑コンプリートを目指す〜
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